Directeur du Laténium, Parc et musée d'archéologie (Neuchâtel) depuis 2007 et professeur titulaire à l'Institut d'archéologie de l'Université de Neuchâtel, Marc-Antoine Kaeser a réalisé un doctorat en préhistoire et en histoire des sciences (cotutelle Université de Neuchâtel et EHESS, Paris).
Membre du comité de l'Académie suisse des sciences humaines et sociales ainsi que du comité exécutif de l'Union internationale des sciences pré- et protohistoriques, il a réalisé des mandats muséographiques pour divers musées d'archéologie et de sciences naturelles, et a enseigné dans de nombreuses universités, en Suisse, en France, en Italie et en Scandinavie.
Anciennement conservateur pour la préhistoire au Musée national suisse (Zurich), puis professeur boursier en histoire des sciences à l'Université de Neuchâtel, il a conçu et dirigé plusieurs projets du Fonds national suisse de la recherche scientifique, sur ses thématiques de prédilection: les pratiques de collection, l'épistémologie de l'archéologie, ainsi que l'histoire et la théorie de la préhistoire.
Par ses fonctions présentes à la tête du plus grand musée archéologique suisse ainsi qu'en raison de ses engagements personnels, il est amené à s'impliquer régulièrement sur des questions touchant à l'image du patrimoine, à la reconnaissance publique et aux responsabilités sociales de l'archéologie.